Студопедия

Главная страница Случайная страница

Разделы сайта

АвтомобилиАстрономияБиологияГеографияДом и садДругие языкиДругоеИнформатикаИсторияКультураЛитератураЛогикаМатематикаМедицинаМеталлургияМеханикаОбразованиеОхрана трудаПедагогикаПолитикаПравоПсихологияРелигияРиторикаСоциологияСпортСтроительствоТехнологияТуризмФизикаФилософияФинансыХимияЧерчениеЭкологияЭкономикаЭлектроника






  • Сервис онлайн-записи на собственном Telegram-боте
    Тот, кто работает в сфере услуг, знает — без ведения записи клиентов никуда. Мало того, что нужно видеть свое расписание, но и напоминать клиентам о визитах тоже. Нашли самый бюджетный и оптимальный вариант: сервис VisitTime.
    Для новых пользователей первый месяц бесплатно.
    Чат-бот для мастеров и специалистов, который упрощает ведение записей:
    Сам записывает клиентов и напоминает им о визите;
    Персонализирует скидки, чаевые, кэшбэк и предоплаты;
    Увеличивает доходимость и помогает больше зарабатывать;
    Начать пользоваться сервисом
  • Биосинтез ДНК. Общие определения






    Калинин Виталий Леонидович. Репликация генома

     

    СОДЕРЖАНИЕ

     

    ГЛАВА 1. ДНК-полимеразы

    Биосинтез ДНК. Общие определения

    Бактериальные ДНК-полимеразы

    ДНК-полимераза I E.coli

    ДНК-полимераза II E.coli

    ДНК-полимераза III E. coli

    Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев

    ДНК-полимераза a

    ДНК-полимераза b

    ДНК-полимераза g

    ДНК-полимеразы d и e

    ДНК-полимеразы археев

    Скользящие зажимы ДНК-полимераз и их погрузчики

    1.4.1. Скользящие зажимы – факторы процессивности ДНК-полимераз

    Погрузчики скользящего зажима

    Белки ААА+

    g-Комплекс погрузчика зажима ДНК-полимеразы III E. coli

    ЛИТЕРАТУРА

    ГЛАВА 2. ВСПОМОГАТЕЛЬНЫЕ БЕЛКИ РЕПЛИКАЦИИ ДНК

    ДНК-геликазы

    Общая характеристика геликаз

    Свойства репликативной ДНК-геликазы DnaB E. coli

    ДНК-геликаза репликативной вилки у эукариотов

    Механизм действия гексамерных ДНК-геликаз

    Погрузка гексамерных ДНК-геликаз на ДНК

    Cопряжение гидролиза НТФ с транслокацией по онДНК

    Расплетание днДНК

    Белки, связывающие однонитевую ДНК

    Праймазы

    ДНК-лигазы

    ДНК-топоизомеразы

    ЛИТЕРАТУРА

    ГЛАВА 3. Инициация репликации хромосомной ДНК

    3.1. Инициация репликации хромосомы E. coli

    Белок-инициатор DnaA

    Минимальная область начала репликации oriC y E.coli

    Этапы инициации репликации на ОНР oriC

    Регуляция инициации репликации хромосомы E. coli

    3.2. Инициация репликации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae

    Области начала репликации (ОНР) ARS и комплекс узнавания ОНР (ORC)

    Этапы пути инициации репликации на ОНР у дрожжей

    Инициация репликации у высших эукариотов

    Белковые компоненты и путь инициации репликации

    Проблема существования областей начала репликации у высших эукариотов

    Регуляция инициации репликации в эукариотических клетках

    ЛИТЕРАТУРА

     

     

    ГЛАВА 1. ДНК-полимеразы

     

    Биосинтез ДНК. Общие определения

     

    ДНК, служащая первичным носителем генетической информации, является линейным или кольцевым гетерополимером, состоящим из 4 дезоксирибонуклеотидов (dA, dT, dG и dC), соединенных (3’®5’)-фосфодиэфирными связями. ДНК чаще всего находится в форме двойной спирали Крика-Уотсона (даунитевая двунитевая ДНК, или днДНК), в которой две нити спарены друг с другом водородными связями с соблюдением правила комплементарности (остатки А спарены с Т, а остатки G c C). Лишь у некоторых фагов и эукариотических вирусов геномная ДНК может находиться в однонитевом состоянии. Однако участки однонитевой онДНК (бреши) могут возникать в процессах репарации и рекомбинации в днДНК.

    Под биосинтезом ДНК в широком смысле слова понимается ферментативное удлинение нити ДНК хотя бы на один нуклеотидный остаток с использованием в качестве субстратов дезоксирибонуклеотид-5’-трифосфатов (5’-дНТФ). Соединение друг с другом сегментов нити онДНК, катализируемое ДНК-лигазами, также вызывает удлинение нити, но не сопровождается синтезом ДНК de novo. Синтез нитей ДНК идет в направлении от 5’-конца к 3’-концу, т.е. добавление каждого нового нуклеотида увеличивает длину вновь синтезируемой нити на один остаток со стороны 3’-конца (рис. 1.1, А).

    Синтез ДНК катализируется ферментами, относящимися к общему классу нуклеотидилтрансфераз, которые вызывают перенос нуклеотида на акцепторную ОН-группу. Большинство ферментов, катализирующих биосинтез ДНК, являются матричными ферментами: они копируют исходный «родительский» полинуклеотид (матрицу) с образованием комплементарной матрице нити вновь синтезированной ДНК. Исключение составляют терминальные дезоксинуклеотидилтрансферазы, нематричным образом присоединяющие нуклеотид к 3’-концу даже изолированной онДНК. Ферменты, использующие в качестве матрицы нить ДНК, называются ДНК-полимеразами. Ферменты, использующие для синтеза нити ДНК матрицу РНК, называются РНК-зависимыми ДНК-полимеразами, или обратными транскриптазами. Обратные транскриптазы используются для синтеза ДНК ретровирусами и параретровирусами и подвижными ретроэлементами в геномах преимущественно эукариотов. К обратным транскриптазам относится и теломераза, участвующая в сохранение терминальных областей линейных эукариотических хромосом (см. гл. 00). Все эти полимеразы во время синтеза ДНК перемещаются по матричной нити полинуклеотидов в направлении 3’®5’. Важной характеристикой ферментов синтеза ДНК является процессивность – способность фермента последовательно осуществлять многие каталитические акты без отрыва от матрицы после каждого из них. Степень процессивности определяется числом нуклеотидных остатков, включенных в растущую цепь за всю серию таких непрерывных актов полимеризации. Полимеразы, отрывающиеся от матрицы после каждого акта включения нуклеотида в растущую цепь, называются дистрибутивными.

    Механизм реакции полимеризации нуклеиновых кислот является общим для всех ДНК-полимераз, обратных транскриптаз и РНК-полимераз и состоит в нуклеофильном атаке замещении типа SN2 b, g-пирофосфатной части 5’-(д)НТФ 3’-атомом кислорода 3’-концевого остатка РНК или ДНК (рис. 1.1, А). В результате этой реакции новый остаток (д)НМФ присоединяется к 3’-концу цепи и освобождается неорганический пирофосфат PPi. В промежуточном (переходном) состоянии в этой реакции атом Р a-фосфатной группы НТФ имеет пентаковалентную конфигурацию (рис. 1В). Он расположен в центре треугольной бипирамиды, в экваториальной плоскости, в которой находится треугольник атомов О a-фосфатной группы, а в апикальных положениях - 3’-атом О- растущей цепи ДНК и атом O a, b-связи дНТФ. Образование такой структуры обеспечивается 2 катионами Mg2+. Атом КатионА. А понижает рКa у 3’-ОН-группы и превращает ее в группу 3’-O-, а также стабилизирует угол 90o между связью 3’-O- - P и экваториальной плоскостью. Катион В также стабилизирует геометрию переходного состояния и способствует уходу пирофосфатного продукта. Оба катиона Mg2+ координационно связаны с карбоксильными группами остатков асп или глу в полимеразе.

    Выравнивание первичных аминокислотных последовательностей, предсказанных на основании данных секвенирования структурных генов, позволил разбить все известные ДНК-полимеразы на 6 больших гомологических семейств гомологии. Четыре Три из этих семейств содержат как прокариотические, так и эукариотические ДНК-полимеразы. Семейство С встречается только у эубактерий, семейство D – только у архееев и семейство Х







    © 2023 :: MyLektsii.ru :: Мои Лекции
    Все материалы представленные на сайте исключительно с целью ознакомления читателями и не преследуют коммерческих целей или нарушение авторских прав.
    Копирование текстов разрешено только с указанием индексируемой ссылки на источник.