На поверхности почвы микроорганизмов относительно мало, так как на них губительно действуют УФ-лучи, высушивание и т. д.

Наибольшее число микроорганизмов содержится в верхнем слое почвы толщиной до 10 см. По мере углубления в почву ко­личество микроорганизмов уменьшается и на глубине 3—4 м они практически отсутствуют.

Состав микрофлоры почвы меняется в зависимости от типа и состояния почвы, состава растительности, температуры, влаж­ности и т.д. Большинство микроорганизмов почвы способны раз­виваться при нейтральном рН, высокой относительной влажно­сти, при температуре от 25 до 45 °С.

В почве живут бактерии, способные усваивать молекулярный азот (азотфиксирующие), относящиеся к родам Azotobacter, Azomonas, Mycobacterium и др. Азотфиксирующие разновидности цианобактерий, или сине-зеленых водорослей, применяют для повышения плодородия рисовых полей. Такие бактерии, как псев­домонады, активно участвуют в минерализации органических ве­ществ, а также восстановлении нитратов до молекулярного азота. Кишечные бактерии (сем. Enterobacteriaceae) — кишечная палоч­ка, возбудители брюшного тифа, сальмонеллезов, дизентерии — могут попадать в почву с фекалиями. Однако в почве отсутству­ют условия для их размножения, и они постепенно отмирают. В чистых почвах кишечная палочка и протей встречаются редко; обнаружение их в значительных количествах является показателем загрязнения почвы фекалиями человека и животных и свидетель­ствует о ее санитарно-эпидемиологическом неблагополучии (воз­можность передачи возбудителей инфекционных заболеваний).

Почва служит местом обитания спорообразующих палочек ро­дов Bacillus и Clostridium. Непатогенные бациллы (Вас. megatheri­um, Вас. subtilis и др.) наряду с псевдомонадами, протеем и не­которыми другими бактериями являются аммонифицирующими, составляя группу гнилостных бактерий, осуществляющих мине­рализацию белков. Патогенные палочки (возбудитель сибирской язвы, ботулизма, столбняка, газовой гангрены) способны дли­тельно сохраняться в почве.

В почве находятся также многочисленные представители гри­бов. Грибы участвуют в почвообразовательных процессах, превра­щениях соединений азота, выделяют биологически активные ве­щества, в том числе антибиотики и токсины. Токсинообразую-щие грибы, попадая в продукты питания человека, вызывают интоксикации — микотоксикозы и афлатоксикозы.

Микрофауна почвы представлена простейшими, количество которых колеблется от 500 до 500 000 на 1 г почвы. Питаясь бактериями и органическими остатками, простейшие вызывают изменения в составе органических веществ почвы.