Перевод в Уфу

В 1804 г. Филарет был переведен из Орловской епархии в глухую, отдалённую Уфу.

Печальный вид представляла в то время эта епархия.

Архим. Филарет был назначен здесь ректором Оренбургской духовной семинарии и настоятелем монастыря. Его можно даже назвать основателем Оренбургской семинарии, так как в то время она только начинала действовать.

Тяжелые испытания и скорби постигли в Уфе архимандрита Филарета. Первые полтора года этого периода жизни, когда во главе епархии стоял епископ Амвросий (Келембет), у Филарета все шло хорошо. Но с назначением на Уфимскую кафедру преосвящ. Августина (Сахарова), которому архимандрит Филарет был охарактеризован Орловским епископом Досифеем (Ильиным) с отрицательной стороны, положение его резко изменилось. По малейшему поводу епископ Августин преследовал архимандрита. Филарета, писал на него жалобы в Св. Синод. Такое притеснение продолжалось в течение всего уфимского периода жизни архимандрита. Филарета. Он терпеливо сносил все обиды и унижения, но, в конце концов, у него появилась мысль оставить все, удалиться в какой-нибудь отдаленный монастырь и, скрыв свой сан, начать жизнь самого последнего инока. Но Господь не оставил своего избранника. Однажды после пламенной слёзной молитвы коленопреклоненный Филарет, находясь в полусонном состоянии, увидел руку, писавшую на стене: " Не бойся! Судьбы архимандрита Филарета в руках Божиих! ". С этого времени жизнь архим. Филарета совершенно изменилась. По ходатайству протоиерея Турчанинова, хорошо знавшего Филарета, перед митрополитом Амвросием (Подобедовым), он указом Св. Синода от 10 / 23 ноября 1810 г. был переведен в Тобольск для испытания. Управлявший Тобольской епархией еп. Амвросий (Келембет), который и ранее знал Филарета, в своих донесения митрополиту и Св. Синоду о характере и поведении вновь присланного архимандрита называл его " не человеком, а ангелом во плоти".

Благодаря таким положительным отзывам, менее чем через три года (2 / 15 декабря 1813 г.) архим. Филарет был вызван в С.-Петербург на чреду священнослужения и проповедывания слова Божия и назначен настоятелем Волоколамского Иосифова монастыря. Этот вызов в Петербург означал признание заслуг и достоинств его и был как бы ступенью к дальнейшему повышению. По предложению ректора С.-Петербургской духовной академии Филарета, впоследствии известного митрополита Московского, архим. Филарет указом Комиссии духовных училищ от 15 / 28 февраля 1814 г. был назначен инспектором С.-Петербургской духовной академии. Служение святого Филарета в должности инспектора продолжалось всего полгода, но имело для него очень важное значение. В этот период он был удостоен степени доктора богословия (1814 г.). Докторская степень была присвоена архимандриту. Филарету не за научные труды, а по должности и за безукоризненный образ жизни. В этом же году Филарет был переведен в должности инспектора во вновь открывавшуюся Московскую духовную академию. Это назначение также состоялось по указанию ректора С.-Петербургской академии Филарета (Дроздова).