Каким образом происходит доработка системы, внесение изменений?

Доработка системы и внесения изменений происходят следующим образом. Если в системе необходимо что-либо доработать, то создается копия дорабатываемого скрипта (скриптов), в данную копию вносят изменения. Также перед внесением изменений разрабатывается план и порядок (алгоритм) внесения изменений.

После того, как все изменения внесены, осуществляется тестирование новых изменений и все системы в целом самим программистом (т.к. изменения в одних частях системы могут привести к ошибкам в её других частях).
После тестирования программистом измененную систему тестирует другие программисты системы, сам заказчик изменений и специальные люди (чаще всего из подразделения Учебного отдела и Вычислительного центра).

Опытные программисты (их всего 3 человека) осуществляют работу с копиями изменяемых скриптов системы на том же сервере, где и находится весь Web-интерфейс системы.

Менее опытные программисты производят работу над изменяемыми скриптами на тестовом сервере, где установлена кроссплатформенная сборка веб-сервера xampp (Apache+MySQL+PHP+Perl+Дополнительные библиотеки) и на тестовом сервере не установлена CMS 1C-Битрикс, которая есть на сервере ИРРО, отвечающем за его Web-интерфейс.

Также на тестовом сервере происходит создание новых интерфейсов системы, но это также только менее опытные программисты. 3 опытных программиста всегда работают на реальном сервере.

Пишется ли заявка на изменение?

Заявка на изменение чаще всего осуществляется в устной форме, либо в письменной в виде письма на e-mail главного программиста системы, либо менеджера по организации работ по созданию системы ИРРО.

Каким образом она пишется (в электронном/бумажном виде, какие изменения необходимо внести в систему, сроки внесения этих изменений и т.д.)?

Как я уже говорил, чаще всего заявка на изменение осуществляется в устной форме, и сам заказчик на словах объясняет либо менеджеру, либо главному программисту системы что необходимо добавить или изменить в системы.

Официальные документы (с подписями и ответственными лицами) не создаются.

Это происходит из-за того, что система разрабатывается при очень малом количестве ресурсов (основным из которых является время программистов) и больших объемов работ, и чтобы уменьшить время на доработку и внесения изменений в системе, убран этап подачи официальной заявки на изменение (доработку).

После внесения изменений (доработки системы) программистом пишется технический отчет и общий отчет о проделанной работе.