Праймазы

Синтез затравок РНК в процессе образования фрагментов Оказаки при репликации ДНК (преимущественно в отстающей нити) катализируется праймазами – особой разновидностью ДНК-зависимых РНК-полимераз, отличающейся от РНК-полимераз, которые участвуют в транскрипции. Рассмотрим их структурные особенности по сравнению с транскрипционными РНК-полимеразами на примере наиболее хорошо изученных ферментов – белка DnaG E. coli и эукариотической праймазы, всегда работающей в комплексе с ДНК-полимеразой a.

Праймаза DnaG E. coli кодируется существенным геном dnaG (67-ая мин генетической карты) и имеет длину 582 остатка. Она почти не гомологична известным РНК-полимеразам (единственный участок гомологии RNAP имеет длину всего 15 остатков), но содержит 6 участков гомологии (1-6) с праймазами других бактерий и некоторых фагов. Эти участки гомологии сосредоточены в N-концевых 2/3 молекулы DnaG. За положением 400 гомология бактериальных и фаговыйх праймаз исчезает: эта С-концевая область у фаговых праймаз либо отсутствует, либо заменена на геликазный домен у праймаз-геликаз фагов Т7 и Р1. В первичной последовательности белка DnaG можно выделить 4 важные области (I-IV, рис 2.18).

N-концевая область I c консервативным мотивом 1 содержит мотив цинкового пальца или ленты (положения 40-65) типа СХ₂НХ₁₇СХ₂С с длинной центральной петлей и координационно связывает катион Zn²⁺. Эта область участвует в узнавании онДНК и связывании с нею и может частично определять положение стартовой точки синтеза РНК. Главным является центральный домен II (остатки 200-350), содержащий 4 из 6 консервативных праймазных мотивов и участок гомологии с РНК-полимеразами. В этой области сосредоточены 3 необходимых для катализа кислых остатка (асп₂₆₉ в мотиве 4 и диада DXD в положениях 345-347 мотива 6), связывающие ионы Mg²⁺, и входящий в активный центр остаток лиз₂₄₁, замена которого не мешает инициации затравок РНК, но препятствует их элонгации.

1 100 200 300 400 500 582