В основу классификации положены особенности бесполого размножения.

Семейство Mucorасеае (мукоровые)

Наиболее обширное семейство порядка (47 родов). В основном сапротрофы, но могут быть и паразиты. Многие виды характеризуются высокой ферментативной активностью, что используется человеком, особенно в странах азиатского континента.

Род Mucor (мукор). М. mucedo встречается в почве, на лошадином помете и вызывает порчу продуктов. Сначала гриб развивается в виде белого несептированного мицелия, заметного невооруженным глазом. Над поверхностью мицелия вскоре поднимаются вертикальные гифы, будущие спорангиеносцы. Концы гиф расширяются, образуя спорангий шаровидной формы, в котором цитоплазма по периферии уплотняется и содержит много ядер. Центральная часть его остается менее плотной, не содержит ядер и превращается в колонку. Из содержимого периферической части формируются споры (митоспоры). После разрыва оболочки спорангия споры рассыпаются, а на спорангиеносце остается колонка с частью стенки спорангия — воротничком. Половое размножение возможно лишь при соприкосновении мицелиев с разным половым знаком («+» и «-»), так как вид является гетероталличным. Половой процесс — зигогамия. Цикл развития мукора был описан раньше.

Некоторые виды мукора являются патогенными, например М. pusillum поражает центральную нервную систему, органы слуха человека, М. racemosus вызывает заболевания легких у птиц. Мукор зимний (М. hiemalis) используется для приготовления продуктов из соевого молока (процесс кодзи).

Род Rhizopus (ризопус). Для него характерно наличие темноокрашенных спорангиеносцев. У многих видов есть столоны, позволяющие быстро освоить субстрат. Грибы этого рода чаще всего поселяются на продуктах питания и называются черная плесень или головчатая плесень, обладают ферментативной активностью, а также могут продуцировать органические кислоты. R. oryzae вызывает микоз теплокровных животных. Используется в производстве спирта и органических кислот. R. nigricans содержит пектинразрушающие ферменты, поэтому применяется для мацерация стеблей льна в текстильной промышленности.

Род Absidia (абсидия). Отличается от рода ризопус тем, что спорангиеносцы с грушевидными спорангиями отходят от середины дуги столона. A. corymbifera вызывает бронхомикоз человека, может поражать центральную нервную систему. A. septata — возбудитель легочных микозов, может поселяться в наружных слуховых проходах человека.

Семейство Pilobolaceae (пилоболюсовые)

Род Pilobolus (пилоболюс). Виды этого рода растут на навозе. Спорангий находится на своеобразном спорангиеносце, отходящем от вздутой клетки — трофоцисты. Верхушка спорангиеносца расширена в виде пузыря, имеющего в основании светочувствительное кольцо с каротиноидами.

На вершине спорангиеносца находится приплюснутый спорангий черного цвета со слизистым кольцом. Гриб обладает положительным фототропизмом. Под влиянием солнечных лучей в пузыре возникает давление, он взрывается и спорангий отлетает со скоростью примерно 50 км/ч на расстояние до 2 м. Попав на травянистые растения, спорангии приклеиваются к ним. Животные поедают эти растения, споры проходят через пищеварительный тракт и выделяются вместе с экскрементами. Затем споры прорастают.