Действия восставших

В ходе событий Дзержинский Ф. Э. лично явился в штаб левоэсеровского отряда ВЧК под командованием Попова в Большом Трёхсвятительском переулке, дом 1, и потребовал выдачи убийц Мирбаха. В сопровождении трёх чекистов Дзержинский начал обыскивать помещения, сломав при этом несколько дверей. На этот момент практически весь ЦК ПЛСР покинул проходивший в это время Съезд Советов, начал заседание в штабе отряда Попова, где и был обнаружен Дзержинским.

Дзержинский угрожает расстрелять чуть ли ни весь ЦК ПЛСР, объявляет левоэсеровских наркомов Прошьяна и Карелина арестованными, и требует от Попова немедленной выдачи Блюмкина, угрожая в случае отказа расстрелом на месте. Однако, он сам был арестован, и взят левыми эсерами в заложники.

Главной вооружённой силой, которой могли располагать эсеры, был отряд ВЧК под командованием Попова. Отряд состоял из финнов и матросов, насчитывал около 800 человек и имел на вооружении несколько орудий и броневиков. Однако никаких активных действий отряд Попова не предпринимал, так и не сдвинувшись с места до самого разгрома, оборона занятых позиций свелась к отсиживанию в двух зданиях Трехсвятительского переулка. Впоследствии, в 1921 году на допросе в ВЧК Попов утверждал, что: «Никакого участия в подготовке якобы восстания против соввласти не принимал, вооруженное столкновение в Трехсвятительском переулке было актом самообороны».

В общей сложности, во время мятежа левые эсеры берут в заложники 27 большевистских функционеров, в том числе, зампреда ВЧК Лациса М. И. и председателя Моссовета Смидовича. Также они перехватили ряд автомобилей, во время чего был убит делегат съезда Николай Абельман. Также они захватили Главпочтамт и начали рассылать антибольшевистские воззвания. Одно из таких воззваний, объявляющее власть большевиков низложенной, и приказывающее «приказов Ленина и Свердлова не исполнять», по свидетельству коменданта Кремля большевика Малькова П. Д., попадает в руки к Ленину. Другое воззвание заявляло, что «…убит палач Мирбах…Немецкие шпионы и провокаторы, которые наводнили Москву и частью вооружены, требуют смерти левым социалистам-революционерам. Властвующая часть большевиков, испугавшись возможных последствий, как и до сих пор, исполняют приказы германских палачей…Вперед, работницы, рабочие и красноармейцы, на защиту трудового народа, против всех палачей, против всех шпионов и провокационного империализма». К этому времени лидер левых эсеров Мария Спиридонова, явившаяся на Съезд Советов, уже сама была арестована большевиками, и также взята в заложники.

Кроме того, караул у штаб-квартиры ВЧК на Лубянке состоял из матросов и финнов из отряда Попова, что создаёт у Ленина ощущение, что взбунтовалась вся ВЧК. По свидетельству Бонч-Бруевича, Ленин при этом известии «даже не побледнел, а побелел». Из всех частей Московского гарнизона большевики смогли опереться только на латышских стрелков — все остальные части либо перешли на сторону мятежников, либо объявили о своём нейтралитете. Приказ Троцкого частям Московского гарнизона выступить против восставших был выполнен только Комендантским полком и Школой военных курсантов, причём Комендатский полк вскоре бежал.

Ленин в разгар событий выразил сомнение в лояльности командира латышских стрелков Вацетиса, и выразил готовность «принять его услуги», только приставив к Вацетису четырёх комиссаров; Троцкий во время восстания четыре раза узнавал, не присоединился ли Вацетис к левым эсерам.

Также Ленин выступает с инициативой роспуска ВЧК, и замены её какой-то другой структурой. На какое-то время Ленин, Свердлов и Троцкий даже объявляют ВЧК распущенной, смещают Дзержинского и ставят на его место Лациса, которому предписывалось набрать в ВЧК новых людей. Троцкий приказывает Лацису арестовать всех левых эсеров, служащих в ВЧК, и объявить их заложниками. Однако вскоре левые эсеры сами занимают здание ВЧК, арестовав Лациса, и освободив арестованного им левого эсера Емельянова.

Также безуспешной оказалась попытка Троцкого предупредить захват восставшими центрального телеграфа; отправленные им туда две роты латышских стрелков были разоружены левыми эсерами. Заняв телеграф, они начали рассылать свои воззвания.

Однако левые эсеры не предпринимают никаких попыток арестовать большевистское правительство, хотя у них даже имелись пропуска, позволяющие беспрепятственно проходить в Кремль. Кроме того, мятежники не стали арестовывать большевистских делегатов V Съезда Советов. Никак не пытаясь захватить власть, они объявляют большевиков «агентами германского империализма», установившими режим «комиссародержавия», а всех остальных социалистов «контрреволюционерами». Исследователь В. Шамбаров обращает внимание на пассивность военных частей, перешедших на сторону мятежников: «полк ВЧК под командованием Попова восстал довольно странно. К нему присоединилась часть полка им. Первого Марта, силы составляли 1800 штыков, 80 сабель, 4 броневика и 8 орудий. У большевиков в Москве было 720 штыков, 4 броневика и 12 орудий. Но, вместо того чтобы атаковать и одержать победу, пользуясь внезапностью и почти троекратным перевесом, полк пассивно „бунтовал“ в казармах».